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4月, 2011の投稿を表示しています

タンパク質分子において水素原子の位置が異なるアミノ酸構造の同型判定

今回は興味を持ってもらえる人が限定される記事だと思うけど、以前作ったコードを腐らせてしまうのも勿体無いので敢えて晒してみる。

生体内のタンパク質構造をX線回折やNMRで解析したデータの多くはPDB (Protein Data Bank)データとして登録される。以下に示すように原子タグ、原子の通し番号、原子名、アミノ酸名、アミノ酸の通し番号、原子の座標などがテキストで書かれている。そして、機能の解明などのために分子動力学(MD; molecular dynamics)計算プログラムなどでそれらのPDBデータは利用される。MD計算プログラムは世に沢山あるが、自分がよく使っていたのはAmberというソフトウェアだ。

PDBデータの一部

ATOM 1439 N ILE 212 52.408 -3.243 59.013 1.00 40.03 N ATOM 1440 CA ILE 212 52.511 -3.151 57.556 1.00 33.72 C ATOM 1441 C ILE 212 51.464 -2.243 56.911 1.00 34.65 C ATOM 1442 O ILE 212 51.733 -1.619 55.886 1.00 38.03 O ATOM 1443 CB ILE 212 52.482 -4.572 56.921 1.00 38.88 C ATOM 1444 CG1 ILE 212 53.615 -4.703 55.919 1.00 40.75 C ATOM 1445 CG2 ILE 212 51.129 -4.901 56.281 1.00 39.55 C ATOM 1446 CD1 ILE 212 54.931 -4.446 56.550 1.00 46.31 C ATOM 1447 N HIS 213 5…